Branch data Line data Source code
1 : : /*
2 : : * NCWriteHelper.hpp
3 : : *
4 : : * Purpose : Climate NC writer file helper; abstract, will be implemented for each type
5 : : *
6 : : * Created on: Mar 28, 2014
7 : : */
8 : :
9 : : #ifndef NCWRITEHELPER_HPP_
10 : : #define NCWRITEHELPER_HPP_
11 : : #include "WriteNC.hpp"
12 : :
13 : : #ifdef WIN32
14 : : #ifdef size_t
15 : : #undef size_t
16 : : #endif
17 : : #endif
18 : :
19 : : namespace moab
20 : : {
21 : :
22 : : class NCWriteHelper
23 : : {
24 : : public:
25 : 0 : NCWriteHelper( WriteNC* writeNC, int fileId, const FileOptions& opts, EntityHandle fileSet )
26 : : : _writeNC( writeNC ), _fileId( fileId ), _opts( opts ), _fileSet( fileSet ), nTimeSteps( 0 ), nLevels( 1 ),
27 [ # # ][ # # ]: 0 : tDim( -1 ), levDim( -1 )
[ # # ]
28 : : {
29 : 0 : }
30 [ # # ]: 0 : virtual ~NCWriteHelper(){};
31 : :
32 : : //! Get appropriate helper instance for WriteNC class based on some info in the file set
33 : : static NCWriteHelper* get_nc_helper( WriteNC* writeNC, int fileId, const FileOptions& opts, EntityHandle fileSet );
34 : :
35 : : //! Collect necessary info about local mesh (implemented in child classes)
36 : : virtual ErrorCode collect_mesh_info() = 0;
37 : :
38 : : //! Collect data for specified variables (partially implemented in child classes)
39 : : virtual ErrorCode collect_variable_data( std::vector< std::string >& var_names, std::vector< int >& tstep_nums );
40 : :
41 : : //! Initialize file: this is where all defines are done
42 : : //! The VarData dimension ids are filled up after define
43 : : ErrorCode init_file( std::vector< std::string >& var_names, std::vector< std::string >& desired_names,
44 : : bool _append );
45 : :
46 : : //! Take the info from VarData and write first non-set variables, then set variables
47 : : ErrorCode write_values( std::vector< std::string >& var_names, std::vector< int >& tstep_nums );
48 : :
49 : : private:
50 : : // Write set variables (common to scd mesh and ucd mesh)
51 : : ErrorCode write_set_variables( std::vector< WriteNC::VarData >& vsetdatas, std::vector< int >& tstep_nums );
52 : :
53 : : protected:
54 : : // Write non-set variables (implemented in child classes)
55 : : virtual ErrorCode write_nonset_variables( std::vector< WriteNC::VarData >& vdatas,
56 : : std::vector< int >& tstep_nums ) = 0;
57 : :
58 : : //! Allow NCWriteHelper to directly access members of WriteNC
59 : : WriteNC* _writeNC;
60 : :
61 : : //! Cache some information from WriteNC
62 : : int _fileId;
63 : : const FileOptions& _opts;
64 : : EntityHandle _fileSet;
65 : :
66 : : //! Dimensions of time and level
67 : : int nTimeSteps, nLevels;
68 : :
69 : : //! Dimension numbers for time and level
70 : : int tDim, levDim;
71 : :
72 : : //! Local owned cells, edges and vertices
73 : : Range localCellsOwned, localEdgesOwned, localVertsOwned;
74 : :
75 : : //! Time values of output timesteps
76 : : std::vector< double > timeStepVals;
77 : : };
78 : :
79 : : //! Child helper class for scd mesh, e.g. CAM_EL or CAM_FV
80 : : class ScdNCWriteHelper : public NCWriteHelper
81 : : {
82 : : public:
83 : 0 : ScdNCWriteHelper( WriteNC* writeNC, int fileId, const FileOptions& opts, EntityHandle fileSet )
84 : 0 : : NCWriteHelper( writeNC, fileId, opts, fileSet )
85 : : {
86 [ # # ]: 0 : for( unsigned int i = 0; i < 6; i++ )
87 : : {
88 : 0 : lDims[i] = -1;
89 : 0 : lCDims[i] = -1;
90 : : }
91 : 0 : }
92 [ # # ]: 0 : virtual ~ScdNCWriteHelper() {}
93 : :
94 : : private:
95 : : //! Implementation of NCWriteHelper::collect_mesh_info()
96 : : virtual ErrorCode collect_mesh_info();
97 : :
98 : : //! Collect data for specified variables
99 : : virtual ErrorCode collect_variable_data( std::vector< std::string >& var_names, std::vector< int >& tstep_nums );
100 : :
101 : : //! Implementation of NCWriteHelper::write_nonset_variables()
102 : : virtual ErrorCode write_nonset_variables( std::vector< WriteNC::VarData >& vdatas, std::vector< int >& tstep_nums );
103 : :
104 : : template < typename T >
105 : 0 : void jik_to_kji( size_t ni, size_t nj, size_t nk, T* dest, T* source )
106 : : {
107 : 0 : size_t nik = ni * nk, nij = ni * nj;
108 [ # # ]: 0 : for( std::size_t k = 0; k != nk; k++ )
109 [ # # ]: 0 : for( std::size_t j = 0; j != nj; j++ )
110 [ # # ]: 0 : for( std::size_t i = 0; i != ni; i++ )
111 : 0 : dest[k * nij + j * ni + i] = source[j * nik + i * nk + k];
112 : 0 : }
113 : :
114 : : protected:
115 : : //! Dimensions of my local part of grid
116 : : int lDims[6];
117 : :
118 : : //! Center dimensions of my local part of grid
119 : : int lCDims[6];
120 : : };
121 : :
122 : : //! Child helper class for ucd mesh, e.g. CAM_SE (HOMME) or MPAS
123 : : class UcdNCWriteHelper : public NCWriteHelper
124 : : {
125 : : public:
126 : 0 : UcdNCWriteHelper( WriteNC* writeNC, int fileId, const FileOptions& opts, EntityHandle fileSet )
127 [ # # ][ # # ]: 0 : : NCWriteHelper( writeNC, fileId, opts, fileSet ), cDim( -1 ), eDim( -1 ), vDim( -1 )
[ # # ]
128 : : {
129 : 0 : }
130 [ # # ]: 0 : virtual ~UcdNCWriteHelper() {}
131 : :
132 : : protected:
133 : : //! This version takes as input the moab range, from which we actually need just the
134 : : //! size of each sequence, for a proper transpose of the data
135 : : template < typename T >
136 : 0 : void jik_to_kji_stride( size_t, size_t nj, size_t nk, T* dest, T* source, Range& localGid )
137 : : {
138 : 0 : std::size_t idxInSource = 0; // Position of the start of the stride
139 : : // For each subrange, we will transpose a matrix of size
140 : : // subrange*nj*nk (subrange takes the role of ni)
141 [ # # ][ # # ]: 0 : for( Range::pair_iterator pair_iter = localGid.pair_begin(); pair_iter != localGid.pair_end(); ++pair_iter )
[ # # ][ # # ]
[ # # ]
142 : : {
143 [ # # ][ # # ]: 0 : std::size_t size_range = pair_iter->second - pair_iter->first + 1;
144 : 0 : std::size_t nik = size_range * nk, nij = size_range * nj;
145 [ # # ]: 0 : for( std::size_t k = 0; k != nk; k++ )
146 [ # # ]: 0 : for( std::size_t j = 0; j != nj; j++ )
147 [ # # ]: 0 : for( std::size_t i = 0; i != size_range; i++ )
148 : 0 : dest[idxInSource + k * nij + j * size_range + i] = source[idxInSource + j * nik + i * nk + k];
149 : 0 : idxInSource += ( size_range * nj * nk );
150 : : }
151 : 0 : }
152 : :
153 : : //! Dimension numbers for nCells, nEdges and nVertices
154 : : int cDim, eDim, vDim;
155 : :
156 : : //! Local global ID for owned cells, edges and vertices
157 : : Range localGidCellsOwned, localGidEdgesOwned, localGidVertsOwned;
158 : : };
159 : :
160 : : } // namespace moab
161 : :
162 : : #endif
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