Branch data Line data Source code
1 : : /**
2 : : * MOAB, a Mesh-Oriented datABase, is a software component for creating,
3 : : * storing and accessing finite element mesh data.
4 : : *
5 : : * Copyright 2004 Sandia Corporation. Under the terms of Contract
6 : : * DE-AC04-94AL85000 with Sandia Corporation, the U.S. Government
7 : : * retains certain rights in this software.
8 : : *
9 : : * This library is free software; you can redistribute it and/or
10 : : * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
11 : : * License as published by the Free Software Foundation; either
12 : : * version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
13 : : *
14 : : */
15 : :
16 : : #include <H5Tpublic.h>
17 : : #include <H5Dpublic.h>
18 : : #include <H5Gpublic.h>
19 : : #include <H5Spublic.h>
20 : : #include <H5Ppublic.h>
21 : : #include "mhdf.h"
22 : : #include "util.h"
23 : : #include "file-handle.h"
24 : : #include "status.h"
25 : : #include "names-and-paths.h"
26 : :
27 : 68 : int mhdf_haveSets( mhdf_FileHandle file, int* have_data, int* have_child, int* have_parent, mhdf_Status* status )
28 : : {
29 : 68 : FileHandle* file_ptr = (FileHandle*)file;
30 : : hid_t root_id, set_id;
31 : : int result;
32 : : API_BEGIN;
33 : :
34 [ - + ]: 68 : if( !mhdf_check_valid_file( file_ptr, status ) ) return -1;
35 : :
36 : : #if defined( H5Gopen_vers ) && H5Gopen_vers > 1
37 : 68 : root_id = H5Gopen2( file_ptr->hdf_handle, ROOT_GROUP, H5P_DEFAULT );
38 : : #else
39 : : root_id = H5Gopen( file_ptr->hdf_handle, ROOT_GROUP );
40 : : #endif
41 [ - + ]: 68 : if( root_id < 0 )
42 : : {
43 : 0 : mhdf_setFail( status, "H5Gopen( \"%s\" ) failed.", ROOT_GROUP );
44 : 0 : return -1;
45 : : }
46 : :
47 : 68 : result = mhdf_is_in_group( root_id, SET_GROUP_NAME, status );
48 [ - + ]: 68 : if( result < 1 )
49 : : {
50 : 0 : H5Gclose( root_id );
51 : 0 : return result;
52 : : }
53 : :
54 : : #if defined( H5Gopen_vers ) && H5Gopen_vers > 1
55 : 68 : set_id = H5Gopen2( root_id, SET_GROUP_NAME, H5P_DEFAULT );
56 : : #else
57 : : set_id = H5Gopen( root_id, SET_GROUP_NAME );
58 : : #endif
59 : 68 : H5Gclose( root_id );
60 [ - + ]: 68 : if( set_id < 0 )
61 : : {
62 : 0 : mhdf_setFail( status, "H5Gopen( \"%s\" ) failed.", SET_GROUP );
63 : 0 : return -1;
64 : : }
65 : :
66 : 68 : result = mhdf_is_in_group( set_id, SET_META_NAME, status );
67 [ - + ]: 68 : if( result < 0 )
68 : : {
69 : 0 : H5Gclose( set_id );
70 : 0 : return result;
71 : : }
72 : :
73 [ + - ]: 68 : if( have_data )
74 : : {
75 : 68 : *have_data = mhdf_is_in_group( set_id, SET_DATA_NAME, status );
76 [ - + ]: 68 : if( *have_data < 0 )
77 : : {
78 : 0 : H5Gclose( set_id );
79 : 0 : return *have_data;
80 : : }
81 : : }
82 : :
83 [ + - ]: 68 : if( have_child )
84 : : {
85 : 68 : *have_child = mhdf_is_in_group( set_id, SET_CHILD_NAME, status );
86 [ - + ]: 68 : if( *have_child < 0 )
87 : : {
88 : 0 : H5Gclose( set_id );
89 : 0 : return *have_child;
90 : : }
91 : : }
92 : :
93 [ + - ]: 68 : if( have_parent )
94 : : {
95 : 68 : *have_parent = mhdf_is_in_group( set_id, SET_PARENT_NAME, status );
96 [ - + ]: 68 : if( *have_parent < 0 )
97 : : {
98 : 0 : H5Gclose( set_id );
99 : 0 : return *have_parent;
100 : : }
101 : : }
102 : :
103 : 68 : mhdf_setOkay( status );
104 : 68 : H5Gclose( set_id );
105 : : API_END;
106 : 68 : return result;
107 : : }
108 : :
109 : 39 : hid_t mhdf_createSetMeta( mhdf_FileHandle file, long num_sets, long* first_id_out, mhdf_Status* status )
110 : : {
111 : 39 : FileHandle* file_ptr = (FileHandle*)file;
112 : : hid_t table_id;
113 : : hsize_t dims[ 2 ];
114 : : long first_id;
115 : : API_BEGIN;
116 : :
117 [ - + ]: 39 : if( !mhdf_check_valid_file( file_ptr, status ) ) return -1;
118 : :
119 : 39 : dims[ 0 ] = (hsize_t)num_sets;
120 : 39 : dims[ 1 ] = (hsize_t)4;
121 : 39 : table_id = mhdf_create_table( file_ptr->hdf_handle, SET_META_PATH, MHDF_INDEX_TYPE, 2, dims, status );
122 [ - + ]: 39 : if( table_id < 0 ) return -1;
123 : :
124 : 39 : first_id = file_ptr->max_id + 1;
125 [ - + ]: 39 : if( !mhdf_create_scalar_attrib( table_id, START_ID_ATTRIB, H5T_NATIVE_LONG, &first_id, status ) )
126 : : {
127 : 0 : H5Dclose( table_id );
128 : 0 : return -1;
129 : : }
130 : :
131 : 39 : *first_id_out = first_id;
132 : 39 : file_ptr->max_id += num_sets;
133 [ - + ]: 39 : if( !mhdf_write_max_id( file_ptr, status ) )
134 : : {
135 : 0 : H5Dclose( table_id );
136 : 0 : return -1;
137 : : }
138 : 39 : file_ptr->open_handle_count++;
139 : 39 : mhdf_setOkay( status );
140 : :
141 : : API_END_H( 1 );
142 : 39 : return table_id;
143 : : }
144 : :
145 : 107 : hid_t mhdf_openSetMeta( mhdf_FileHandle file, long* num_sets, long* first_id_out, mhdf_Status* status )
146 : : {
147 : 107 : FileHandle* file_ptr = (FileHandle*)file;
148 : : hid_t table_id;
149 : : hsize_t dims[ 2 ];
150 : : API_BEGIN;
151 : :
152 [ - + ]: 107 : if( !mhdf_check_valid_file( file_ptr, status ) ) return -1;
153 : :
154 : 107 : table_id = mhdf_open_table2( file_ptr->hdf_handle, SET_META_PATH, 2, dims, first_id_out, status );
155 [ - + ]: 107 : if( table_id < 0 ) return -1;
156 : :
157 : : /* If dims[1] == 3, then old format of table.
158 : : * Deal with it in mhdf_readSetMeta and mhdf_writeSetMeta
159 : : */
160 [ - + ][ # # ]: 107 : if( dims[ 1 ] != 4 && dims[ 1 ] != 3 )
161 : : {
162 : 0 : mhdf_setFail( status, "Invalid format for meshset table.\n" );
163 : 0 : H5Dclose( table_id );
164 : 0 : return -1;
165 : : }
166 : :
167 : 107 : *num_sets = dims[ 0 ];
168 : 107 : file_ptr->open_handle_count++;
169 : 107 : mhdf_setOkay( status );
170 : : API_END_H( 1 );
171 : 107 : return table_id;
172 : : }
173 : :
174 : 66 : hid_t mhdf_openSetMetaSimple( mhdf_FileHandle file, mhdf_Status* status )
175 : : {
176 : 66 : FileHandle* file_ptr = (FileHandle*)file;
177 : : hid_t table_id;
178 : : API_BEGIN;
179 : :
180 [ - + ]: 66 : if( !mhdf_check_valid_file( file_ptr, status ) ) return -1;
181 : :
182 : 66 : table_id = mhdf_open_table_simple( file_ptr->hdf_handle, SET_META_PATH, status );
183 [ - + ]: 66 : if( table_id < 0 ) return -1;
184 : :
185 : 66 : file_ptr->open_handle_count++;
186 : 66 : mhdf_setOkay( status );
187 : : API_END_H( 1 );
188 : 66 : return table_id;
189 : : }
190 : :
191 : 105 : static int mhdf_readwriteSetMeta( hid_t table_id, int read, long offset, long count, hid_t type, void* data, hid_t prop,
192 : : mhdf_Status* status )
193 : : {
194 : : hid_t slab_id, sslab_id, smem_id, mem_id;
195 : 105 : hsize_t offsets[ 2 ], counts[ 2 ], mcounts[ 2 ], moffsets[ 2 ] = { 0, 0 };
196 : 105 : herr_t rval = 0;
197 : : int dims, i;
198 : 105 : const int fill_val = -1;
199 : 105 : const hsize_t one = 1;
200 : :
201 : 105 : mcounts[ 0 ] = count;
202 : 105 : mcounts[ 1 ] = 4;
203 [ + - ][ - + ]: 105 : if( offset < 0 || count < 0 )
204 : : {
205 [ # # ]: 0 : mhdf_setFail( status,
206 : : "Invalid input for %s: "
207 : : "offset = %ld, count = %ld\n",
208 : : read ? "read" : "write", offset, count );
209 : 0 : return 0;
210 : : }
211 : :
212 : 105 : slab_id = H5Dget_space( table_id );
213 [ - + ]: 105 : if( slab_id < 0 )
214 : : {
215 : 0 : mhdf_setFail( status, "Internal error calling H5Dget_space." );
216 : 0 : return 0;
217 : : }
218 : :
219 : 105 : dims = H5Sget_simple_extent_ndims( slab_id );
220 [ - + ]: 105 : if( dims != 2 )
221 : : {
222 : 0 : H5Sclose( slab_id );
223 : 0 : mhdf_setFail( status, "Internal error: unexpected dataset rank: %d.", dims );
224 : 0 : return 0;
225 : : }
226 : :
227 : 105 : dims = H5Sget_simple_extent_dims( slab_id, counts, NULL );
228 [ - + ]: 105 : if( dims < 0 )
229 : : {
230 : 0 : H5Sclose( slab_id );
231 : 0 : mhdf_setFail( status, "Internal error calling H5Sget_simple_extend_dims." );
232 : 0 : return 0;
233 : : }
234 : :
235 [ - + ]: 105 : if( (unsigned long)( offset + count ) > counts[ 0 ] )
236 : : {
237 : 0 : H5Sclose( slab_id );
238 [ # # ]: 0 : mhdf_setFail( status, "Requested %s of rows %ld to %ld of a %ld row table.\n", read ? "read" : "write", offset,
239 : 0 : offset + count - 1, (long)counts[ dims - 1 ] );
240 : 0 : return 0;
241 : : }
242 : 105 : counts[ 0 ] = (hsize_t)count;
243 : 105 : offsets[ 0 ] = (hsize_t)offset;
244 : :
245 [ + - ]: 105 : if( count )
246 : 105 : mem_id = H5Screate_simple( dims, mcounts, NULL );
247 : : else
248 : : { /* special case for 'NULL' read during collective parallel IO */
249 : 0 : mem_id = H5Screate_simple( 1, &one, NULL );
250 [ # # ][ # # ]: 0 : if( mem_id && 0 > H5Sselect_none( mem_id ) )
251 : : {
252 : 0 : H5Sclose( mem_id );
253 : 0 : mem_id = -1;
254 : : }
255 : : }
256 [ - + ]: 105 : if( mem_id < 0 )
257 : : {
258 : 0 : mhdf_setFail( status, "Internal error calling H5Screate_simple." );
259 : 0 : return 0;
260 : : }
261 : :
262 : : /* Normal table: 4 columns */
263 [ + - ]: 105 : if( counts[ 1 ] == 4 )
264 : : {
265 : 105 : offsets[ 1 ] = 0;
266 [ + - ]: 105 : if( count )
267 : 105 : rval = H5Sselect_hyperslab( slab_id, H5S_SELECT_SET, offsets, NULL, counts, NULL );
268 : : else /* special case for 'NULL' read during collective parallel IO */
269 : 0 : rval = H5Sselect_none( slab_id );
270 [ - + ]: 105 : if( rval < 0 )
271 : : {
272 : 0 : H5Sclose( mem_id );
273 : 0 : H5Sclose( slab_id );
274 : 0 : mhdf_setFail( status, "Internal error calling H5Sselect_hyperslab." );
275 : 0 : return 0;
276 : : }
277 : :
278 [ + + ]: 105 : if( read )
279 : 66 : rval = H5Dread( table_id, type, mem_id, slab_id, prop, data );
280 : : else
281 : 105 : rval = H5Dwrite( table_id, type, mem_id, slab_id, prop, data );
282 : : }
283 : : /* Old table: 3 columns, no parent link counts */
284 [ # # ]: 0 : else if( counts[ 1 ] == 3 )
285 : : {
286 : 0 : rval = 0;
287 [ # # ][ # # ]: 0 : for( i = 0; i < 3 && rval >= 0; ++i )
288 : : {
289 : 0 : smem_id = H5Scopy( mem_id );
290 : 0 : sslab_id = H5Scopy( slab_id );
291 [ # # ][ # # ]: 0 : if( smem_id < 0 || sslab_id < 0 )
292 : : {
293 [ # # ]: 0 : if( smem_id >= 0 ) H5Sclose( smem_id );
294 : 0 : mhdf_setFail( status, "Internal error calling H5Scopy." );
295 : 0 : return 0;
296 : : }
297 : :
298 : 0 : counts[ 1 ] = 1;
299 : 0 : offsets[ 1 ] = i;
300 [ # # ]: 0 : if( count )
301 : 0 : rval = H5Sselect_hyperslab( sslab_id, H5S_SELECT_SET, offsets, NULL, counts, NULL );
302 : : else
303 : 0 : rval = H5Sselect_none( sslab_id );
304 [ # # ]: 0 : if( rval < 0 )
305 : : {
306 : 0 : H5Sclose( slab_id );
307 : 0 : H5Sclose( mem_id );
308 : 0 : mhdf_setFail( status, "Internal error calling H5Sselect_hyperslab." );
309 : 0 : return 0;
310 : : }
311 : :
312 : 0 : mcounts[ 1 ] = 1;
313 [ # # ]: 0 : moffsets[ 1 ] = ( i == 2 ) ? 3 : i;
314 : 0 : rval = H5Sselect_hyperslab( smem_id, H5S_SELECT_SET, moffsets, NULL, mcounts, NULL );
315 [ # # ]: 0 : if( rval < 0 )
316 : : {
317 : 0 : H5Sclose( sslab_id );
318 : 0 : H5Sclose( slab_id );
319 : 0 : H5Sclose( mem_id );
320 : 0 : mhdf_setFail( status, "Internal error calling H5Sselect_hyperslab." );
321 : 0 : return 0;
322 : : }
323 : :
324 [ # # ]: 0 : if( read )
325 : 0 : rval = H5Dread( table_id, type, smem_id, sslab_id, prop, data );
326 : : else
327 : 0 : rval = H5Dwrite( table_id, type, smem_id, sslab_id, prop, data );
328 : :
329 : 0 : H5Sclose( sslab_id );
330 : 0 : H5Sclose( smem_id );
331 : : }
332 : :
333 [ # # ][ # # ]: 0 : if( read && rval >= 0 )
334 : : {
335 : 0 : mcounts[ 1 ] = 1;
336 : 0 : moffsets[ 1 ] = 2;
337 : 0 : H5Sselect_hyperslab( mem_id, H5S_SELECT_SET, moffsets, NULL, mcounts, NULL );
338 : 0 : rval = H5Dfill( &fill_val, H5T_NATIVE_INT, data, type, mem_id );
339 : : }
340 : : }
341 : : else
342 : : {
343 : 0 : H5Sclose( mem_id );
344 : 0 : H5Sclose( slab_id );
345 : 0 : mhdf_setFail( status, "Invalid dimension for meshset metadata table." );
346 : 0 : return 0;
347 : : }
348 : :
349 : 105 : H5Sclose( slab_id );
350 : 105 : H5Sclose( mem_id );
351 [ - + ]: 105 : if( rval < 0 )
352 : : {
353 [ # # ]: 0 : mhdf_setFail( status, "Internal error calling H5D%s.", read ? "read" : "write" );
354 : 0 : return 0;
355 : : }
356 : :
357 : 105 : mhdf_setOkay( status );
358 : 105 : return 1;
359 : : }
360 : :
361 : 0 : void mhdf_readSetMeta( hid_t table_id, long offset, long count, hid_t type, void* data, mhdf_Status* status )
362 : : {
363 : : API_BEGIN;
364 : 0 : mhdf_readwriteSetMeta( table_id, 1, offset, count, type, data, H5P_DEFAULT, status );
365 : : API_END;
366 : 0 : }
367 : 66 : void mhdf_readSetMetaWithOpt( hid_t table_id, long offset, long count, hid_t type, void* data, hid_t prop,
368 : : mhdf_Status* status )
369 : : {
370 : : API_BEGIN;
371 : 66 : mhdf_readwriteSetMeta( table_id, 1, offset, count, type, data, prop, status );
372 : : API_END;
373 : 66 : }
374 : :
375 : 0 : void mhdf_writeSetMeta( hid_t table_id, long offset, long count, hid_t type, const void* data, mhdf_Status* status )
376 : : {
377 : : API_BEGIN;
378 : 0 : mhdf_readwriteSetMeta( table_id, 0, offset, count, type, (void*)data, H5P_DEFAULT, status );
379 : : API_END;
380 : 0 : }
381 : 39 : void mhdf_writeSetMetaWithOpt( hid_t table_id, long offset, long count, hid_t type, const void* data, hid_t prop,
382 : : mhdf_Status* status )
383 : : {
384 : : API_BEGIN;
385 : 39 : mhdf_readwriteSetMeta( table_id, 0, offset, count, type, (void*)data, prop, status );
386 : : API_END;
387 : 39 : }
388 : :
389 : : enum SetMetaCol
390 : : {
391 : : CONTENT = 0,
392 : : CHILDREN = 1,
393 : : PARENTS = 2,
394 : : FLAGS = 3
395 : : };
396 : :
397 : 0 : static int mhdf_readSetMetaColumn( hid_t table_id, enum SetMetaCol column, long offset, long count, hid_t type,
398 : : void* data, hid_t prop, mhdf_Status* status )
399 : : {
400 : : hid_t slab_id, mem_id;
401 : 0 : hsize_t offsets[ 2 ], counts[ 2 ], mcount = count;
402 : 0 : herr_t rval = 0;
403 : : int dims;
404 : 0 : const int fill_val = -1;
405 : :
406 [ # # ][ # # ]: 0 : if( offset < 0 || count < 0 )
407 : : {
408 : 0 : mhdf_setFail( status,
409 : : "Invalid input for reading set description column: "
410 : : "offset = %ld, count = %ld\n",
411 : : offset, count );
412 : 0 : return 0;
413 : : }
414 : :
415 : : /* Get dimensions of table, and check against requested count and offset */
416 : :
417 : 0 : slab_id = H5Dget_space( table_id );
418 [ # # ]: 0 : if( slab_id < 0 )
419 : : {
420 : 0 : mhdf_setFail( status, "Internal error calling H5Dget_space." );
421 : 0 : return 0;
422 : : }
423 : :
424 : 0 : dims = H5Sget_simple_extent_ndims( slab_id );
425 [ # # ]: 0 : if( dims != 2 )
426 : : {
427 : 0 : H5Sclose( slab_id );
428 : 0 : mhdf_setFail( status, "Internal error: unexpected dataset rank: %d.", dims );
429 : 0 : return 0;
430 : : }
431 : :
432 : 0 : dims = H5Sget_simple_extent_dims( slab_id, counts, NULL );
433 [ # # ]: 0 : if( dims < 0 )
434 : : {
435 : 0 : H5Sclose( slab_id );
436 : 0 : mhdf_setFail( status, "Internal error calling H5Sget_simple_extend_dims." );
437 : 0 : return 0;
438 : : }
439 : :
440 [ # # ]: 0 : if( (unsigned long)( offset + count ) > counts[ 0 ] )
441 : : {
442 : 0 : H5Sclose( slab_id );
443 : 0 : mhdf_setFail( status, "Requested read of rows %ld to %ld of a %ld row table.\n", offset, offset + count - 1,
444 : 0 : (long)counts[ 0 ] );
445 : 0 : return 0;
446 : : }
447 : :
448 : : /* Create a slab definition for the block of memory we're reading into */
449 : :
450 : 0 : mem_id = H5Screate_simple( 1, &mcount, NULL );
451 [ # # ]: 0 : if( mem_id < 0 )
452 : : {
453 : 0 : H5Sclose( slab_id );
454 : 0 : mhdf_setFail( status, "Internal error calling H5Screate_simple." );
455 : 0 : return 0;
456 : : }
457 : :
458 : : /* Old, 3-column table.
459 : : * New table is {contents, children, parents, flags}
460 : : * Old table is {contents, children, flags}
461 : : * If asking for parents, just return zeros.
462 : : * If asking for flags, fix column value.
463 : : */
464 : 0 : offsets[ 1 ] = column;
465 [ # # ]: 0 : if( counts[ 1 ] == 3 )
466 : : {
467 [ # # ]: 0 : if( column == PARENTS )
468 : : {
469 : 0 : rval = H5Dfill( &fill_val, H5T_NATIVE_INT, data, type, mem_id );
470 : 0 : H5Sclose( mem_id );
471 : 0 : H5Sclose( slab_id );
472 [ # # ]: 0 : if( rval < 0 )
473 : : {
474 : 0 : mhdf_setFail( status, "Internal error calling H5Dfill" );
475 : 0 : return 0;
476 : : }
477 : : else
478 : : {
479 : 0 : mhdf_setOkay( status );
480 : 0 : return 1;
481 : : }
482 : : }
483 [ # # ]: 0 : else if( column == FLAGS )
484 : 0 : --offsets[ 1 ];
485 : : }
486 [ # # ]: 0 : else if( counts[ 1 ] != 4 )
487 : : {
488 : 0 : H5Sclose( mem_id );
489 : 0 : H5Sclose( slab_id );
490 : 0 : mhdf_setFail( status, "Invalid dimension for meshset metadata table." );
491 : 0 : return 0;
492 : : }
493 : :
494 : : /* Create a slab defintion for the portion of the table we want to read. */
495 : :
496 : : /* offsets[1] was initialized in the above block of code. */
497 : 0 : offsets[ 0 ] = (hsize_t)offset;
498 : 0 : counts[ 0 ] = (hsize_t)count;
499 : 0 : counts[ 1 ] = 1; /* one column */
500 [ # # ]: 0 : if( count )
501 : 0 : rval = H5Sselect_hyperslab( slab_id, H5S_SELECT_SET, offsets, NULL, counts, NULL );
502 : : else
503 : 0 : rval = H5Sselect_none( slab_id );
504 [ # # ]: 0 : if( rval < 0 )
505 : : {
506 : 0 : H5Sclose( mem_id );
507 : 0 : H5Sclose( slab_id );
508 : 0 : mhdf_setFail( status, "Internal error calling H5Sselect_hyperslab." );
509 : 0 : return 0;
510 : : }
511 : :
512 : : /* Read the data */
513 : :
514 : 0 : rval = H5Dread( table_id, type, mem_id, slab_id, prop, data );
515 : 0 : H5Sclose( mem_id );
516 : 0 : H5Sclose( slab_id );
517 [ # # ]: 0 : if( rval < 0 )
518 : : {
519 : 0 : mhdf_setFail( status, "Internal error calling H5Dread." );
520 : 0 : return 0;
521 : : }
522 : :
523 : 0 : mhdf_setOkay( status );
524 : 0 : return 1;
525 : : }
526 : :
527 : 0 : void mhdf_readSetFlags( hid_t table_id, long offset, long count, hid_t type, void* data, mhdf_Status* status )
528 : : {
529 : : API_BEGIN;
530 : 0 : mhdf_readSetMetaColumn( table_id, FLAGS, offset, count, type, data, H5P_DEFAULT, status );
531 : : API_END;
532 : 0 : }
533 : 0 : void mhdf_readSetFlagsWithOpt( hid_t table_id, long offset, long count, hid_t type, void* data, hid_t prop,
534 : : mhdf_Status* status )
535 : : {
536 : : API_BEGIN;
537 : 0 : mhdf_readSetMetaColumn( table_id, FLAGS, offset, count, type, data, prop, status );
538 : : API_END;
539 : 0 : }
540 : :
541 : 0 : void mhdf_readSetContentEndIndices( hid_t table_id, long offset, long count, hid_t type, void* data,
542 : : mhdf_Status* status )
543 : : {
544 : : API_BEGIN;
545 : 0 : mhdf_readSetMetaColumn( table_id, CONTENT, offset, count, type, data, H5P_DEFAULT, status );
546 : : API_END;
547 : 0 : }
548 : 0 : void mhdf_readSetContentEndIndicesWithOpt( hid_t table_id, long offset, long count, hid_t type, void* data, hid_t prop,
549 : : mhdf_Status* status )
550 : : {
551 : : API_BEGIN;
552 : 0 : mhdf_readSetMetaColumn( table_id, CONTENT, offset, count, type, data, prop, status );
553 : : API_END;
554 : 0 : }
555 : :
556 : 0 : void mhdf_readSetChildEndIndices( hid_t table_id, long offset, long count, hid_t type, void* data, mhdf_Status* status )
557 : : {
558 : : API_BEGIN;
559 : 0 : mhdf_readSetMetaColumn( table_id, CHILDREN, offset, count, type, data, H5P_DEFAULT, status );
560 : : API_END;
561 : 0 : }
562 : 0 : void mhdf_readSetChildEndIndicesWithOpt( hid_t table_id, long offset, long count, hid_t type, void* data, hid_t prop,
563 : : mhdf_Status* status )
564 : : {
565 : : API_BEGIN;
566 : 0 : mhdf_readSetMetaColumn( table_id, CHILDREN, offset, count, type, data, prop, status );
567 : : API_END;
568 : 0 : }
569 : :
570 : 0 : void mhdf_readSetParentEndIndices( hid_t table_id, long offset, long count, hid_t type, void* data,
571 : : mhdf_Status* status )
572 : : {
573 : : API_BEGIN;
574 : 0 : mhdf_readSetMetaColumn( table_id, PARENTS, offset, count, type, data, H5P_DEFAULT, status );
575 : : API_END;
576 : 0 : }
577 : 0 : void mhdf_readSetParentEndIndicesWithOpt( hid_t table_id, long offset, long count, hid_t type, void* data, hid_t prop,
578 : : mhdf_Status* status )
579 : : {
580 : : API_BEGIN;
581 : 0 : mhdf_readSetMetaColumn( table_id, PARENTS, offset, count, type, data, prop, status );
582 : : API_END;
583 : 0 : }
584 : :
585 : 38 : hid_t mhdf_createSetData( mhdf_FileHandle file_handle, long data_list_size, mhdf_Status* status )
586 : : {
587 : : FileHandle* file_ptr;
588 : : hid_t table_id;
589 : 38 : hsize_t dim = (hsize_t)data_list_size;
590 : : API_BEGIN;
591 : :
592 : 38 : file_ptr = (FileHandle*)( file_handle );
593 [ - + ]: 38 : if( !mhdf_check_valid_file( file_ptr, status ) ) return -1;
594 : :
595 [ - + ]: 38 : if( data_list_size < 1 )
596 : : {
597 : 0 : mhdf_setFail( status, "Invalid argument.\n" );
598 : 0 : return -1;
599 : : }
600 : :
601 : 38 : table_id = mhdf_create_table( file_ptr->hdf_handle, SET_DATA_PATH, file_ptr->id_type, 1, &dim, status );
602 : :
603 : : API_END_H( 1 );
604 : 38 : return table_id;
605 : : }
606 : :
607 : 103 : hid_t mhdf_openSetData( mhdf_FileHandle file_handle, long* data_list_size_out, mhdf_Status* status )
608 : : {
609 : : FileHandle* file_ptr;
610 : : hid_t table_id;
611 : : hsize_t dim;
612 : : API_BEGIN;
613 : :
614 : 103 : file_ptr = (FileHandle*)( file_handle );
615 [ - + ]: 103 : if( !mhdf_check_valid_file( file_ptr, status ) ) return -1;
616 : :
617 [ - + ]: 103 : if( !data_list_size_out )
618 : : {
619 : 0 : mhdf_setFail( status, "Invalid argument.\n" );
620 : 0 : return -1;
621 : : }
622 : :
623 : 103 : table_id = mhdf_open_table( file_ptr->hdf_handle, SET_DATA_PATH, 1, &dim, status );
624 : :
625 : 103 : *data_list_size_out = (long)dim;
626 : : API_END_H( 1 );
627 : 103 : return table_id;
628 : : }
629 : :
630 : 0 : void mhdf_writeSetData( hid_t table_id, long offset, long count, hid_t type, const void* data, mhdf_Status* status )
631 : : {
632 : : API_BEGIN;
633 : 0 : mhdf_write_data( table_id, offset, count, type, data, H5P_DEFAULT, status );
634 : : API_END;
635 : 0 : }
636 : 38 : void mhdf_writeSetDataWithOpt( hid_t table_id, long offset, long count, hid_t type, const void* data, hid_t prop,
637 : : mhdf_Status* status )
638 : : {
639 : : API_BEGIN;
640 : 38 : mhdf_write_data( table_id, offset, count, type, data, prop, status );
641 : : API_END;
642 : 38 : }
643 : :
644 : 0 : void mhdf_readSetData( hid_t table_id, long offset, long count, hid_t type, void* data, mhdf_Status* status )
645 : : {
646 : : API_BEGIN;
647 : 0 : mhdf_read_data( table_id, offset, count, type, data, H5P_DEFAULT, status );
648 : : API_END;
649 : 0 : }
650 : 0 : void mhdf_readSetDataWithOpt( hid_t table_id, long offset, long count, hid_t type, void* data, hid_t prop,
651 : : mhdf_Status* status )
652 : : {
653 : : API_BEGIN;
654 : 0 : mhdf_read_data( table_id, offset, count, type, data, prop, status );
655 : : API_END;
656 : 0 : }
657 : :
658 : 16 : hid_t mhdf_createSetChildren( mhdf_FileHandle file_handle, long child_list_size, mhdf_Status* status )
659 : : {
660 : : FileHandle* file_ptr;
661 : : hid_t table_id;
662 : 16 : hsize_t dim = (hsize_t)child_list_size;
663 : : API_BEGIN;
664 : :
665 : 16 : file_ptr = (FileHandle*)( file_handle );
666 [ - + ]: 16 : if( !mhdf_check_valid_file( file_ptr, status ) ) return -1;
667 : :
668 [ - + ]: 16 : if( child_list_size < 1 )
669 : : {
670 : 0 : mhdf_setFail( status, "Invalid argument.\n" );
671 : 0 : return -1;
672 : : }
673 : :
674 : 16 : table_id = mhdf_create_table( file_ptr->hdf_handle, SET_CHILD_PATH, file_ptr->id_type, 1, &dim, status );
675 : :
676 : : API_END_H( 1 );
677 : 16 : return table_id;
678 : : }
679 : :
680 : 57 : hid_t mhdf_openSetChildren( mhdf_FileHandle file_handle, long* child_list_size, mhdf_Status* status )
681 : : {
682 : : FileHandle* file_ptr;
683 : : hid_t table_id;
684 : : hsize_t dim;
685 : : API_BEGIN;
686 : :
687 : 57 : file_ptr = (FileHandle*)( file_handle );
688 [ - + ]: 57 : if( !mhdf_check_valid_file( file_ptr, status ) ) return -1;
689 : :
690 [ - + ]: 57 : if( !child_list_size )
691 : : {
692 : 0 : mhdf_setFail( status, "Invalid argument.\n" );
693 : 0 : return -1;
694 : : }
695 : :
696 : 57 : table_id = mhdf_open_table( file_ptr->hdf_handle, SET_CHILD_PATH, 1, &dim, status );
697 : :
698 : 57 : *child_list_size = (long)dim;
699 : : API_END_H( 1 );
700 : 57 : return table_id;
701 : : }
702 : :
703 : 15 : hid_t mhdf_createSetParents( mhdf_FileHandle file_handle, long parent_list_size, mhdf_Status* status )
704 : : {
705 : : FileHandle* file_ptr;
706 : : hid_t table_id;
707 : 15 : hsize_t dim = (hsize_t)parent_list_size;
708 : : API_BEGIN;
709 : :
710 : 15 : file_ptr = (FileHandle*)( file_handle );
711 [ - + ]: 15 : if( !mhdf_check_valid_file( file_ptr, status ) ) return -1;
712 : :
713 [ - + ]: 15 : if( parent_list_size < 1 )
714 : : {
715 : 0 : mhdf_setFail( status, "Invalid argument.\n" );
716 : 0 : return -1;
717 : : }
718 : :
719 : 15 : table_id = mhdf_create_table( file_ptr->hdf_handle, SET_PARENT_PATH, file_ptr->id_type, 1, &dim, status );
720 : :
721 : : API_END_H( 1 );
722 : 15 : return table_id;
723 : : }
724 : :
725 : 55 : hid_t mhdf_openSetParents( mhdf_FileHandle file_handle, long* parent_list_size, mhdf_Status* status )
726 : : {
727 : : FileHandle* file_ptr;
728 : : hid_t table_id;
729 : : hsize_t dim;
730 : : API_BEGIN;
731 : :
732 : 55 : file_ptr = (FileHandle*)( file_handle );
733 [ - + ]: 55 : if( !mhdf_check_valid_file( file_ptr, status ) ) return -1;
734 : :
735 [ - + ]: 55 : if( !parent_list_size )
736 : : {
737 : 0 : mhdf_setFail( status, "Invalid argument.\n" );
738 : 0 : return -1;
739 : : }
740 : :
741 : 55 : table_id = mhdf_open_table( file_ptr->hdf_handle, SET_PARENT_PATH, 1, &dim, status );
742 : :
743 : 55 : *parent_list_size = (long)dim;
744 : : API_END_H( 1 );
745 : 55 : return table_id;
746 : : }
747 : :
748 : 0 : void mhdf_writeSetParentsChildren( hid_t table_id, long offset, long count, hid_t type, const void* data,
749 : : mhdf_Status* status )
750 : : {
751 : : API_BEGIN;
752 : 0 : mhdf_write_data( table_id, offset, count, type, data, H5P_DEFAULT, status );
753 : : API_END;
754 : 0 : }
755 : 31 : void mhdf_writeSetParentsChildrenWithOpt( hid_t table_id, long offset, long count, hid_t type, const void* data,
756 : : hid_t prop, mhdf_Status* status )
757 : : {
758 : : API_BEGIN;
759 : 31 : mhdf_write_data( table_id, offset, count, type, data, prop, status );
760 : : API_END;
761 : 31 : }
762 : :
763 : 0 : void mhdf_readSetParentsChildren( hid_t table_id, long offset, long count, hid_t type, void* data, mhdf_Status* status )
764 : : {
765 : : API_BEGIN;
766 : 0 : mhdf_read_data( table_id, offset, count, type, data, H5P_DEFAULT, status );
767 : : API_END;
768 : 0 : }
769 : 0 : void mhdf_readSetParentsChildrenWithOpt( hid_t table_id, long offset, long count, hid_t type, void* data, hid_t prop,
770 : : mhdf_Status* status )
771 : : {
772 : : API_BEGIN;
773 : 0 : mhdf_read_data( table_id, offset, count, type, data, prop, status );
774 : : API_END;
775 : 0 : }
|
